MDL ISIS: Tips und Tricks

Beachten Sie: Um MDL ISIS sinnvoll einzusetzen und zuverlässige Resultate zu erzielen, müssen sie das Programm nicht nur bedienen können, Sie müssen auch die Möglichkeiten und Grenzen der Datenbanken für Reaktionen und Verbindungen kennen. Wir empfehlen Ihnen im Zweifelsfall, mit uns Kontakt aufzunehmen oder Recherchen mit Betreuung in der Elektronischen Bibliothek (HCI G2) durchzuführen.

Reaktionsschemata aus dem gedruckten ChemInform

Die Reaktionsdatenbank ChemInform RX enhält die einzelnen Reaktionen aus den gedruckten Heften des ChemInform (ab 1991). Zusätzlich zu den suchbaren und anzeigbaren Einzelreaktionen und Zusammenfassungen der Reaktionssequenzen können wir Ihnen nun noch die (ihrer Übersichtlichkeit wegen sehr geschätzten) kompletten Reaktionsschemata aus den gedruckten Heften anbieten, die als "Display Files" auf dem Server liegen (nur für ChemInform, nicht für RefLib!)

Wenn Sie darauf zugreifen wollen, dann müssen Sie in entweder unsere bereits entsprechend modifizierten Konfigurationsfiles des Reaction Browsers für Windows oder Macintosh herunterladen, oder in Ihren Dateien mit einem beliebigen Text-Editor folgende Änderungen durchführen:

1. Konfigurationsdatei:
   Macintosh: "RXN Browser Config" im Ordner RXN Browser (im Ordner ISIS...)
   Windows: C:\Programme\MDL ISIS Desktop 2.5\rxnbro\Rxnbrows.cfg
   
   Den leeren Eintrag Path= (2. Zeile in der DISPLAY FILES SECTION) wie folgt ändern:
   Path=/mdl/db/display (Achtung: keine Leerstellen, Gross/Kleinschreibung kritisch)
   
   
2. Einstellungen:
   Macintosh: "RXN Browser Preferences" im Ordner RXN Browser (im Ordner ISIS...)
   Windows: C:\Programme\MDL ISIS Desktop 2.5\rxnbro\Rxnbrows.ini
   
   Eintrag in der 7. Zeile ändern:
   DisplayFiles=0 -> DisplayFiles=1

Danach kann man zu jeder einzelnen, bei einer Recherche im ChemInform gefundenen Reaktion das gesamte (diese Reaktion enthaltende) Reaktionsschema betrachten, indem man im RXN Browser in der obersten Icon-Leiste den Button View Scheme anklickt.

Vergleich REACCS und ISIS

Das Datenbanksystem REACCS, das seit 1985 den Angehörigen des Laboratoriums für Organische Chemie zur Verfügung stand, ist seit Ende 1997 eingestellt. Diese Umstellung hat in der chemischen Industrie (und auch an der Uni Zürich) schon vor einiger Zeit stattgefunden, da ISIS die bessere Funktionalität und vor allem Benutzeroberfläche bietet. Unter ISIS haben wir Zugriff auf mehr Reaktionen von MDL als unter REACCS (vor allem ChemInform RX); gegenüber REACCS fehlen allerdings ORGSYN (Organic Reactions 1921-) und ICRDB (ca. 300 000 Reaktionen 1975-87).

Vergleich von Datenbanken organischer Reaktionen

An der ETHZ zugängliche Reaktionsdatenbanken:

• am Arbeitsplatz:
  ISIS (RefLib, ChemInform RX, Synopsys Protecting Groups)
  CrossFire plus Reactions
• im Informationszentrum Chemie: kostenpflichtige Datenbanken bei öffentlichem Anbieter
  STN CASREACT
  STN DJSM
  STN ChemReact

Zeitliche Abdeckung von Reaktionsdatenbanken
Grösse und Zuwachs von Reaktionsdatenbanken

Aufruf ISIS/Draw

Um das OLE (Object Linking and Embedding), d.h. den automatischen Transfer von Strukturen zwischen ISIS/Draw und ISIS/Base zu nutzen (d.h. ohne umständlicheres Copy/Paste, das natürlich auch möglich ist), startet man zuerst ISIS/Base, öffnet ie die gewünschte Datenbank, aktiviert in der Suchmaske ggf. mit Mausklick das Struktur-Fenster ("schwarze Ecken" am Rahmen) und klickt dann auf das Symbol-Icon in der linken Ecke am Treffpunkt der horizontalen und vertikalen Icon-Leisten: ISIS/Draw wird gestartet, das Struktur-Zeichen-Fenster ist dabei automatisch mit der Suchmaske verknüpft.
Man kann so in ISIS/Base mehrere Datenbanken und mehrere Fenster in ISIS/Draw öffnen, die jeweils "horizontal" miteinander verknüpft sind; "vertikaler" Struktur-Transfer zwischen den Fenstern in ISIS/Draw geht via Copy/Paste.

Bei der Installation von ISIS/Base wird ISIS/Draw mitinstalliert; falls Sie ISIS/Draw auch auf anderen PCs/Macintoshs als Formelzeichenprogramm (wie ChemDraw usw.) einsetzen wollen, können sie es von MDL herunterladen.

Suche abbrechen

<ESCAPE>-Taste betätigen

"Hit Highlighting"

Bei eine Substruktur-Recherche (Verbindungen oder Reaktionen) ist das gesuchte Struktur-Fragment blau hervorgehoben, die Reaktionszentren sind rot markiert

Ausdruck
Import/Export ISIS

ISIS/Draw, das Strukturzeichen-Programm für die Eingabe in ISIS, kann im Prinzip auch zur Struktur-Eingabe in CrossFire verwendet werden (Einstellung im Beilstein Commander im Menu [Structure and Fact Editors]); dies geht aber nur dann, wenn der Beilstein Commander entsprechend installiert wurde

Export Excel

Windows- und Macintosh-Version von ISIS/Base unterstützen den gezielten Export von Text/Daten und Strukturen in Excel Spreadsheets